Pode ficar descansado, tudo que tú instalou vai funcionar perfeitamente, só cuide para que no servidor que vai receber a nova instalação esteja configurado com apache, php acima de 5 e banco de dados mysql.
P.s - Depois de conseguir fazer o backup tú consegue fazer instalação como se fosse um joomla novo, só que ao invés de ter o sistema basico do joomla novo, você terá seu site completíssimo após esta instalação.
Grato
Inté